شورای‌عالی دفاع ملی بالاترین نهاد نظامی ایران در دهه 1360 شمسی بود که وظیفه سیاست‌گذاری و هدایت جنگ تحمیلی را بر عهده داشت.

پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران، ارتش و نیروهای مسلح، متأثر از وقایع ابتدای پیروزی انقلاب اسلامی مشکلاتی داشتند، حتی گروه‌های چپ و مارکسیستی و سازمان مجاهدین خلق با این ادعا که ارتش ایران ضد خلقی است در پی انحلال ارتش برآمدند. البته امام خمینی با آگاهی از توطئه این گروه‌ها و با اعلام این نکته که بدنه ارتش فرزندان این ملت هستند، با قاطعیت در مقابل زمزمه انحلال ارتش ایستادند.

  در چنین وضعیتی، دولت موقت انقلاب اسلامی به پیشنهاد وزیر دفاع و به منظور بازسازی ارتش و ساماندهی نیروهای مسلح، در جلسه 22 فروردین 1358 هیئت دولت، طرح تشکیل «شورای‌عالی دفاع ملی و امنیت در نخست‌وزیری» را به تصویب رساند. بر اساس این قانون، شورای ‌عالی دفاع به ریاست نخست‌وزیر و با عضویت نخست‌وزیر، وزیر دفاع ملی، یکی از معاونین منتخب نخست‌وزیر، رئیس ستاد کل ارتش ملی و سه نفر از افسران عالی‌رتبه نیروهای مسلح (‌شاغل یا بازنشسته) به پیشنهاد وزیر دفاع ملی و تصویب هیأت وزیران تشکیل شد که وظیفه طرح مسائل مربوط به سازمان ارتش و ژاندارمری و دفاع کشور چه از نظر حفاظت مرزها و چه از لحاظ امنیت داخلی، بررسی اطلاعات رسیده از اداره ضد جاسوسی و اطلاعات ملی و تجزیه و تحلیل و اخذ تصمیم درباره آنها، مسائل اداری و مالی عمومی ارتش و تهیه فرامین مربوط به ارتش و ژاندارمری از طرف وزیر دفاع ملی و توشیح آنها توسط نخست‌وزیر را بر عهده داشت.⁠[1]

با تشکیل مجلس بررسی نهایی پیش‌نویس قانون اساسی در تابستان 1358، تشکیل شورای ‌عالی دفاع به شکل منسجم و تکامل‌یافته‌تر، در بین نمایندگان مطرح شد. بر این اساس، مطابق اصل 110 قانون اساسی، اعضای شورای ‌عالی دفاع ملی عبارت بودند از: رئیس‌جمهور، نخست‌وزیر، وزیر دفاع، رئیس ستاد مشترک ارتش، فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و دو مشاور به تعیین رهبر انقلاب که وظیفه پیشنهاد فرماندهان عالی نیروهای سه‌گانه ارتش جمهوری اسلامی ایران، اعلام جنگ و صلح و بسیج نیروهای مردمی به رهبری را بر عهده داشتند.

با وجود پیش‌بینی شورای‌ عالی دفاع ملی در قانون اساسی، جلسات این شورا تا پیش از حمله حکومت بعث عراق به ایران در شهریور 1359 تشکیل نشد.⁠[2] با آغاز جنگ تحمیلی و لزوم اتخاذ سیاست واحد در این خصوص، امام خمینی در حکمی خطاب به نیروهای مسلح کشور، علاوه بر وظایف و اختیارات مصرح در قانون اساسی، کلیه امور مربوط به جنگ در حوزه نظامی، تبلیغات و اطلاع‌رسانی و سیاست خارجی را بر عهده شورای‌عالی دفاع قرار داده و دولت را مأمور به جلب متخلفین و تحویل به دادگاه‌های انقلاب کردند تا حسب وضع دفاعی کشور و به ‌صورت انقلابی محاکمه شوند.⁠[3]

مطابق این حکم، در فهرست اعضای شورای‌ عالی دفاع نیز تغییراتی به‌ وجود آمد و یک نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به اعضای شورا اضافه شد. همچنین مقرر شد در غیاب نمایندگان رهبری در شورا، دو نفر از نمایندگان مجلس که یکی از آنها رئیس مجلس بود، در جلسات شورای ‌عالی دفاع شرکت کنند.⁠[4] علاوه بر این، به‌ طور معمول حجت‌الاسلام‌ سیداحمد خمینی نیز به منظور انتقال سریع‌تر مصوبات به امام خمینی، در جلسات شورا حضور پیدا می‌کرد؛⁠[5] گاهی نیز جلسه شورا در بیت امام خمینی و با حضور ایشان تشکیل می‌شد.⁠[6]

در ماه‌های ابتدایی جنگ و با بروز اختلاف میان مسئولان در مسائل گوناگون کشور از جمله اداره جنگ تحمیلی، امام خمینی در پیام 10 ماده‌ای 25 اسفند 1359، مجدداً بر اختیارات شورا در امور مربوط به جنگ تأکید کردند.⁠[7]

عملکرد شورای‌ عالی دفاع در جنگ تحمیلی در دو بخش بود. بخش اول از هنگام تشکیل تا آذر 1360 (پس از عملیات طریق‌القدس) که شورا جنبه عملیاتی داشت و بخش دوم، پس از عملیات طریق‌القدس که با شکل‌گیری قرارگاه کربلا و روی کار آمدن تیم جدید فرماندهی در سپاه پاسداران و ارتش، مسائل عملیاتی به قرارگاه کربلا واگذار شد و شورا بیشتر نقش ستادی و سیاست‌گذاری داشت.⁠[8]

اعضای حقوقی شورای ‌عالی دفاع در طول جنگ تحمیلی عبارت بودند از:

رئیس جمهور: سیدابوالحسن بنی‌صدر، محمدعلی رجایی (شهید) و آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای (شهید).

نخست‌وزیر: محمدعلی رجایی (شهید)،⁠[9] محمدجواد باهنر (شهید)،⁠[10] محمدرضا مهدوی کنی⁠[11] و میرحسین موسوی.⁠[12]

وزیر دفاع: سرهنگ جواد فکوری (شهید)،⁠[13] سرهنگ سیدموسی نامجو (شهید)،⁠[14] سرهنگ محمد سلیمی⁠[15] و سرهنگ محمدحسین جلالی.⁠[16]

رئیس ستاد مشترک ارتش: سرلشکر هادی شادمهر،⁠[17] سرتیپ ولی‌الله فلاحی (شهید)،⁠[18] سرتیپ قاسمعلی ظهیرنژاد،⁠[19] سرتیپ اسماعیل سهرابی⁠[20] و سرتیپ علی شهبازی.⁠[21]

فرمانده سپاه: مرتضی رضایی⁠[22] و محسن رضایی.⁠[23]

نمایندگان مجلس: حجت‌الاسلام اکبر هاشمی رفسنجانی، حجت‌الاسلام محمد منتظری (شهید) و سید علی‌اکبر پرورش.⁠[24]

نمایندگان امام خمینی: آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای (شهید)، مصطفی چمران (شهید)،⁠[25] سرهنگ سیدموسی نامجو (شهید)،⁠[26] حجت‌الاسلام اکبر هاشمی رفسنجانی،⁠[27] سرتیپ قاسمعلی ظهیرنژاد،⁠[28] سرهنگ علی صیاد شیرازی (شهید)⁠[29] و محسن رفیق‌دوست (وزیر سپاه پاسداران).⁠[30]

شورای‌ عالی دفاع از ابتدای تشکیل تا هنگام انحلال، در مسائل مرتبط با جنگ تحمیلی، مصوباتی داشت، از جمله: تشکیل ستاد تبلیغات شورای ‌عالی دفاع با هدف هماهنگی سیاست تبلیغات جنگ، بررسی پیشنهادهای صلح نماینده دبیرکل سازمان ملل و هیئت بررسی‌کننده جنگ، اعزام هیئت‌های سیاسی و تبلیغاتی به کشورهای آسیایی و اروپایی به منظور تشریح اوضاع جنگ و تجاوز عراق در سال 1359، طرح‌ریزی چند عملیات و تغییر سیاست جنگ از حالت تدافعی به تهاجمی، بررسی مذاکرات و پاسخ به پیشنهادها و طرح‌های صلح مجامع بین‌المللی، تصویب اعزام اسیران داوطلب عراقی به فلسطین به منظور مبارزه با رژیم صهیونیستی، بررسی طرح‌های آینده جنگ و تهیه و تبیین طرح‌های سیستم دفاعی کشور و بازسازی ارتش در سال 1360، تصویب سیاست تنبیه متجاوز و گرفتن خسارت جنگ تحمیلی از عراق، تصمیم آزادسازی مناطق غرب کشور، تصمیم به اعزام نیرو به جنوب لبنان، تصویب و تأکید بر راهبرد تعقیب متجاوز در خاک تجاوزگر در سال 1361، تصمیم به ادامه جنگ تا تحقق کامل شرایط ایران (تنبیه متجاوز و دریافت غرامت جنگ)، جلوگیری از رکود در جبهه‌های جنگ، تصویب و تشکیل قرارگاه خاتم‌الانبیاء «ص» در زمستان 1362 و معرفی حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی به سمت فرماندهی عالی جنگ در سال 1362، تصمیم به مقابله و مجبور کردن حکومت بعث به توقف بمباران شهرها و نیز تصمیم به آزادی یکطرفه تعدادی از اسیران معلول عراقی در سال 1363، تصمیم به تقویت سپاه پاسداران بر اساس فرمان امام خمینی مبنی بر تشکیل نیروهای سه‌گانه زمینی و هوایی و دریایی سپاه پاسداران و تصمیماتی برای تأمین امنیت خلیج فارس و مسدود کردن راه دریایی عراق در سال 1364، برنامه‌ریزی برای پایان دادن به جنگ از طریق برتری نظامی و همچنین تصویب تشکیل گردان‌های احتیاط قدس در سال 1365، ترسیم راهبرد جنگ در جلسات مشترک با هیئت دولت، طرح اعزام گسترده نیرو به جبهه‌ها، فعال‌تر شدن ستاد تبلیغات جنگ و تصمیم‌گیری درباره قطعنامه 598 در سال 1366.⁠[31]

با پایان جنگ تحمیلی و پس از بازنگری قانون اساسی در سال 1368، شورای ‌عالی دفاع ملی از ساختار سیاسی کشور حذف شد و به موجب اصل 176، شورای ‌عالی امنیت ملی که اختیاراتی گسترده‌تر از شورای ‌عالی دفاع دارد، تأسیس شد. اعضای شورای ‌عالی امنیت ملی که وظیفه تعیین‌ سیاست‌های‌ دفاعی‌ - امنیتی‌ کشور در محدوده‌ سیاست‌های‌ کلی‌ تعیین‌‌شده‌ از طرف‌‌ رهبر انقلاب‌، هماهنگ‌‌کردن فعالیت‌‌های‌ سیاسی‌، اطلاعاتی‌، اجتماعی‌، فرهنگی‌ و اقتصادی‌ در ارتباط با تدابیر کلی‌ دفاعی‌ - امنیتی و بهره‌گیری‌ از امکانات‌ مادی‌ و معنوی‌ کشور برای‌ مقابله‌ با تهدیدهای‌ داخلی‌ و خارجی‌ را بر عهده دارند، عبارتند از: رؤسای‌ قوای‌ سه‌گانه، رئیس‌ ستاد فرماندهی‌ کل‌ نیروهای‌ مسلح، مسئول‌ امور برنامه‌ و بودجه، دو نماینده‌ به‌ انتخاب‌ رهبر انقلاب، ‌ وزیران‌ امور خارجه‌، کشور، اطلاعات و حسب مورد وزیر مربوط و عالی‌ترین‌ مقام‌ ارتش‌ و سپاه‌.⁠[32]

این شورا به تناسب وظایف خود شوراهای فرعی مانند شورای دفاع و شورای امنیت کشور را تشکیل می‌دهد. ریاست هر یک از این شوراها، با رئیس‌جمهور یا یکی از اعضای شورای عالی است که رئیس‌جمهور تعیین می‌کند.⁠[33]

پس از پایان جنگ تحمیلی 12 روزه اسرائیل علیه ایران در تیر 1404، در راستای ارتقاء آمادگی‌های کشور در برابر تهدیدهای نظامی و امنیتی و حضور بیشتر فرماندهان نظامی کشور در تصمیم‌گیری‌های هنگام جنگ، شورای‌ دفاع به ‌عنوان یکی از شوراهای فرعی شورای ‌عالی امنیت ملی احیا شد⁠[34] و علی‌اکبر احمدیان و علی شمخانی (شهید) به ‌عنوان نمایندگان رهبر انقلاب اسلامی، در این شورا، منصوب شدند⁠[35]   که علی شمخانی اسفند 1404 درجنگ رمضان به شهادت رسید.