با آغاز جنگ تحمیلی، نظام اداری کشور برای تطبیق خود با شرایط جنگی، ناگزیر به تأسیس نهادها یا سازمان‌های مختلف یا اصلاح ساختاری سازمان‌های موجود شد تا بتواند جنگ را به بهترین شیوه مدیریت کند.

ستاد بسیج اقتصادی کشور، سازمان تعزیرات حکومتی، بنیاد امور مهاجرین جنگ تحمیلی، شورای‌ عالی دفاع، ستاد تبلیغات جنگ، شورای‌ عالی پشتیبانی جنگ، وزارت سپاه، ستاد مقابله با حمله‌های هوایی و دادگاه ویژه رسیدگی به تخلفات جنگی، بخشی از ساختارهای اداری کشور بودند که به‌ دلیل وقوع جنگ تحمیلی تأسیس شدند.

حمله عراق به ایران بر بخش‌های مختلفی از کشور تأثیر گذاشت. یکی از این تأثیرات، ایجاد تغییر در ساختار حکمرانی کشور بود، به ‌نحوی‌ که در جنگ تحمیلی، نهادها و ساختارهایی ایجاد شدند که تا پیش از این در نظام سیاسی کشور وجود نداشتند و پس از پایان جنگ و با برطرف شدن نیازهای موقت نیز، از میان رفتند.

مهم‌ترین عارضه و تبعات جنگ تحمیلی برای کشور در بخش اقتصادی بود. خارج شدن پالایشگاه‌های نفتی جنوب کشور از مدار فعالیت و کاهش تولید انرژی از یکسو و اختلال در صادرات و واردات، کمیابی و گرانی کالاها و بروز مشکلات اقتصادی از سوی دیگر، موجب شد تا هیئت وزیران در جلسه 5 مهر 1359، «ستاد بسیج اقتصادی کشور» را تشکیل داد تا تصمیمات مورد نیاز شرایط جنگی را اتخاذ و از طریق سازمان‌های مسئول اجرا کند. اعضای تصمیم‌گیرنده این ستاد، وزیران نفت، صنایع و معادن، کار و امور اجتماعی، کشاورزی، کشور، نیرو، امور اقتصادی و دارایی، بازرگانی، دفاع و رؤسای سازمان برنامه و بودجه و بانک مرکزی ایران یا نمایندگان تام‌الاختیار آنان، تعدادی از نمایندگان مجلس و تعدادی از نمایندگان بخش خصوصی به ریاست نخست‌وزیر بودند.⁠[1]

نخستین اقدام ستاد، ایجاد نظام سهمیه‌بندی یا کوپن برای توزیع عادلانه ارزاق و مایحتاج اساسی مردم از جمله قند، شکر، روغن، نفت و بنزین بود که به‌ دلیل ایجاد امنیت روانی در جامعه مورد استقبال مردم قرار گرفت.⁠[2] کنترل بازارهای باز و سیاه، تحت پوشش قرار گرفتن ایثارگران جنگ، پرداخت بیمه بیکاری برای متأثرین از جنگ، تشکیل صندوق‌های قرض‌الحسنه در مساجد و محلات، از دیگر اقدامات ستاد بسیج اقتصادی در طول جنگ بود.⁠[3]

استفاده دولت از اختیارات حوزه تعزیرات حکومتی، از دیگر تأثیرات وقوع جنگ تحمیلی در ساختار حکمرانی کشور بود. مشکلات اقتصادی و اجتماعی ناشی از نحوه تولید، توزیع و عرضه‌ کالا در سال‌های جنگ، موجب شد تا نخست‌وزیر در نامه‌ای به امام خمینی، از میزان اختیارات دولت در قیمت‌گذاری کالاها و خدمات ضروری و نظارت بر اجرای آن توسط دولت سؤال کند. امام نیز در پاسخ، دولت را مجاز به انجام این عمل دانستند.⁠[4] در پی صدور این حکم، طرح مبارزه با احتکار و گرانفروشی در سراسر کشور اجرا شد.

تشکیل بنیاد امور مهاجرین جنگ تحمیلی از دیگر اثرات اقتصادی جنگ بر نظام حکمرانی کشور بود. وظیفه اصلی این بنیاد، تأمین امکانات زندگی افرادی بود که از مناطق جنگی، به سایر استان‌های کشور مهاجرت کرده بودند.⁠[5] پرداخت مستمری به مهاجرین جنگ تحمیلی، از دیگر اقدامات اقتصادی این بنیاد بود که با همکاری وزارت اقتصاد انجام شد.⁠[6]

وزارت اقتصاد به ‌عنوان رکن اقتصادی دولت، با اتخاذ سیاست‌هایی از قبیل جلوگیری از رشد نقدینگی کشور، کاهش مالیات‌های غیرمستقیم، نظارت بر سیاست ارزی از طریق جیره‌بندی، نرخ‌گذاری رسمی و اعطای ارز رسمی، ارز تهاتری، ارز دانشجویی، ارز درمانی و ارز مسافرتی، که اقدامات خاصی در دوره جنگ بود، سعی در کاهش تأثیرات اقتصادی جنگ بر معیشت مردم داشت.⁠[7]

واگذاری تصمیم‌گیری درباره نحوه تخصیص درآمدهای ارزی نفتی از سوی دولت به نمایندگان مجلس شورای اسلامی، از دیگر تصمیمات اقتصادی ویژه ایام جنگ بود که موجب کاهش رانت و فساد در بخش اقتصادی دولت شد.⁠[8]

وقوع جنگ تحمیلی، در بخش سیاسی کشور نیز اثر گذاشت. برگزاری منظم جلسات شورای ‌عالی دفاع که علی‌رغم تشکیل آن در 20 اردیبهشت 1359، تا زمان جنگ تحمیلی مسکوت مانده بود، اولین تأثیر جنگ تحمیلی در ساختار سیاسی کشور بود.⁠[9] 20 مهر 1359، امام خمینی در حکمی خطاب به مسئولان کشور، نظارت بر کلیه امور مربوط به جنگ، هماهنگ کردن تمام قوای مسلح، اداره مناطق جنگی و تعیین نمایندگانی در آن مناطق را جزو وظایف این شورا برشمردند. نظارت بر تمامی تبلیغات، مصاحبه‌ها، نطق‌ها، نوشته‌ها، بیانیه‌ها و اعلامیه‌ها که توسط رادیو- تلویزیون یا مطبوعات منتشر می‌شد و تعیین خط‌مشی سیاست خارجی مربوط به دفاع، از دیگر وظایف و اختیارات شورای ‌عالی دفاع در حکم امام بود.⁠[10] بر اساس همین حکم، اشخاص، گروه‌ها و کلیه نیروها مکلف به تبعیت از تصمیمات شورای‌ عالی دفاع بودند و تخلف از احکام آن، جرم محسوب ‌می‌شد. مأمورین دولتی نیز وظیفه داشتند متخلفین از احکام شورای‌ عالی دفاع را جلب و برای رسیدگی مطابق شرایط جنگی، تحویل دهند.⁠[11]‌

تشکیل ستاد تبلیغات جنگ، از اقدامات اولیه شورای ‌عالی دفاع به منظور پوشش اخبار جبهه و جنگ بود. هماهنگی سیاست‌های کلان اطلاعات و اخبار جنگ، سازماندهی اخبار عملیات‌ها و جنگ و نظارت بر عدم پخش اخباری که بر روحیه مردم و رزمندگان تأثیر سوء دارد یا موجب استفاده اطلاعاتی دشمن می‌شود، از وظایف ستاد تبلیغات جنگ بود.⁠[12]

در سال 1365، با افزایش مسئولیت‌های شورای‌ عالی دفاع و نیاز به پرداختن دقیق‌تر به پشتیبانی جنگ، شورای ‌عالی پشتیبانی جنگ با فرمان امام خمینی تشکیل شد. هدف از تشکیل این شورا در کنار شورای‌ عالی دفاع، هماهنگی و رسیدگی به وضعیت پشتیبانی جبهه‌ها و تأمین و تدارک نیروها بود.⁠[13]

جنگ تحمیلی، بر ساختار و وظایف دولت نیز تأثیر گذاشت. تشکیل وزارت سپاه به منظور هماهنگی بیشتر سپاه پاسداران با دولت و مجلس و پیشتیبانی و تدارکات سپاه (مالی، تسلیحاتی و...)⁠[14] و تشکیل ستاد مقابله با حمله‌های هوایی در نخست‌وزیری و اقداماتی از قبیل ساخت پناهگاه و...،⁠[15] در واکنش به وضعیت خاص زمان جنگ در بدنه دولت رخ داد.

در بخش حقوقی، تشکیل دادگاه‌های نظامی ذیل سازمان قضایی نیروهای مسلح در سال 1364 و تشکیل دادگاه ویژه رسیدگی به تخلفات جنگی در سال 1367 از مهم‌ترین تأثیرات جنگ بر نظام قضایی کشور بود. پس از تشکیل سازمان قضایی نیروهای مسلح، واحدهای این سازمان در مراکز استان‌ها تشکیل شد و وظیفه رسیدگی به تخلفات نیروهای مسلح را با رعایت تشریفات شکلی آیین دادرسی، بر عهده گرفت. در دوره پایانی جنگ و با طرح این مسئله از سوی فرماندهان ارشد ارتش و سپاه که آراء صادره از سازمان قضایی نیروهای مسلح از بازدارندگی کافی برخوردار نیست و این مسئله بر روند جنگ و بروز برخی شکست‌ها تأثیر دارد،⁠[16] به دستور امام خمینی، حجت‌الاسلام‌والمسلمین علی رازینی (شهید) مأموریت یافت تا با تشکیل دادگاه ویژه رسیدگی به تخلفات جنگی، بدون رعایت مقررات دست و پاگیر،⁠[17] به جرائم متخلفان رسیدگی کند. از آنجا که تشکیل چنین دادگاهی مستند به هیچ‌یک از قانون موجود در کشور نبود، مقامات قضایی برای این موضوع، از امام خمینی حکم حکومتی دریافت کردند.⁠[18]

با پایان جنگ تحمیلی، برخی از نهادهای تشکیل شده در طول جنگ مانند ستاد تبلیغات جنگ، شورای ‌عالی پشتیبانی جنگ و دادگاه ویژه رسیدگی به تخلفات جنگی، کارکرد خود را از دست داده و منحل شدند. برخی دیگر از این نهادها نیز با تغییر ساختار یا ادغام در سایر نهادها، به فعالیت خود ادامه دادند. انتقال اختیارات دولت در حوزه تعزیرات حکومتی به سازمان تعزیرات حکومتی،⁠[19] ادغام شورای ‌عالی دفاع در شورای ‌عالی امنیت ملی،⁠[20] ادغام ستاد بسیج اقتصادی کشور در وزارت بازرگانی و ادغام بنیاد امور مهاجرین جنگ تحمیلی در وزارت کشور از آن جمله‌اند.⁠[21]