در جنگ تحمیلی، حدود 500 نفر از نیروهای ایران و 10000 نفر از نیروهای عراق، به کشور مقابل پناهنده شدند.

با پیروزی انقلاب اسلامی ایران و پس از آغاز جنگ تحمیلی، فرصت مناسبی ایجاد شد تا مخالفان نظام سیاسی دو کشور، به کشور مقابل پناهنده شوند؛ پناهندگان ایرانی و عراقی در جنگ تحمیلی سه دسته هستند:

دسته اول، احزاب و گروه‌های سیاسی- نظامی بودند که با پناهندگی دسته‌جمعی به کشور مقابل، به مبارزات خود علیه حکومت مقابل ادامه ‌دادند. «حزب‌الدعوه اسلامی»، «سازمان پیکار اسلامی»، «جنبش علمای مجاهد عراق» و «جنبش مجاهدین عراق»،⁠[1] ازجمله سازمان‌های معارض عراقی بودند که در جنگ تحمیلی به ایران پناهنده شده و به‌ صورت رسمی فعالیت کردند. در مقابل، «سازمان مجاهدین خلق ایران (منافقین)»،⁠[2] گروه‌های سلطنت‌طلب⁠[3] و گروه‌های تروریستی و تجزیه‌طلب غرب کشور⁠[4] نیز با پناهنده شدن به عراق، مبارزات خود علیه نظام نوپای ایران را در این کشور پی گرفتند.

دسته دوم، شخصیت‌های نظامی و سیاسی بودند که پس از گریختن به کشور مقابل پناهنده می‌شدند و علیه کشور خودشان فعالیت می‌کردند. در خصوص پناهندگان نظامی، معمولاً این افراد مقادیری سلاح نیز به کشور مقابل منتقل می‌کردند. علی مرادخانی ارنگه معروف به شیخ علی تهرانی (عضو مجلس خبرگان قانونی اساسی)⁠[5] و احمد مرادی طالمی (خلبان جنگنده اف-14) نیروی هوایی ارتش⁠[6] و خالده عبدالقهار عضو حزب دموکرات کردستان عراق (منشی صدام حسین)⁠[7] شاخص‌ترین پناهندگان نظامی و سیاسی دو کشور ایران و عراق هستند.

دسته سوم، نظامیانی هستند که در جریان عملیات‌های نظامی به کشور مقابل پناهنده شده یا در طول دوران اسارت، تصمیم به پناهندگی می‌گرفتند. در جنگ تحمیلی، از میان اسیران ایران، 500 نفر به عراق یا سایر کشورها پناهنده شدند؛⁠[8] از اسیران عراق در ایران نیز، 10336 نفر به ایران پناهنده شدند.⁠[9]

در جنگ تحمیلی، هر دو کشور از ظرفیت پناهندگان برای انجام اقداماتی نظیر بازجویی از اسیران، ترجمه متون نظامی و امنیتی، شنود جلسات و گفت‌وگوی دشمن و شرکت در عملیات نظامی علیه طرف مقابل استفاده می‌کردند. در ایران، پناهندگان عراقی ابتدا به‌ صورت پراکنده در جبهه‌های غرب کشور با کردهای معارض عراقی (مخالف صدام) همکاری می‌کردند یا با نفوذ به خاک عراق بر ضد حزب بعث و مراکز دولتی عملیات انجام می‌دادند، اما پس از گسترش موج مهاجرت مردم عراق به ایران و پناهنده شدن نظامیان عراق و حضور آنان در سازمان رزم سپاه پاسداران، مسئولان جمهوری اسلامی این افراد را سازماندهی کردند. سپاه پاسداران انقلاب اسلامی نیز، پادگان شهید غیوراصلی در غرب اهواز را در اختیار حزب‌الدعوه (بزرگترین تشکیلات سیاسی معارض حکومت صدام) قرار داد که ابتدا گردان شهید آیت‌الله سید محمدباقر صدر در آن سازماندهی شد و مجاهدین عراقی مخالف صدام، بیشتر عملیات شناسایی انجام دادند. البته در عملیات‌های محدودی نیز در کنار نیروهای ایران شرکت ‌کردند.

  با ادامه جنگ تحمیلی، نیروهای پادگان شهید غیوراصلی در 1362 به سه گردان افزایش یافت و کنار نیروهای ایران در عملیات بدر و خیبر حضور یافتند. در سال 1364 نیز اسماعیل دقایقی (شهید) تیپ 9 بدر را از نیروهای عراقی تشکیل داد که در عملیات‌های عاشورای 4، قدس 4، کربلای 2، کربلای 3، کربلای 4 و کربلای 5 حضور یافتند.⁠[10]

در مقابل، حکومت بعث عراق نیز از توان گروه‌های تروریستی مخالف ایران که به عراق پناهنده شده بودند، استفاده کرد. عملیات‌های نظامی آفتاب، چلچراغ و فروغ جاویدان که توسط سازمان مجاهدین خلق (منافقین) علیه ایران اجرا شد⁠[11] یا حضور نیروهای سپاه حزب رزگاری در ارتش عراق⁠[12] از نمونه‌های همکاری مخالفین ایران با دشمن بعثی است.

روند مهاجرت پناه‌جویان عراقی به ایران، در سال‌های پس از جنگ تحمیلی نیز ادامه یافت و در آغاز دهه 1380 شمسی، نزدیک به 202 هزار پناهجوی عراقی در ایران زندگی می‌کردند.⁠[13] پس از سقوط حکومت بعث در عراق، دولت ایران،⁠[14] پس از تصویب «آیین‌نامه نحوه بازگشت پناهندگان و آوارگان عراقی ساکن در کشور به عراق»⁠[15] روند بازگشت پناهجویان عراقی به کشورشان را تسهیل کرد.

بر اساس گزارش آژانس پناهندگان سازمان ملل متحد در تهران، هم‌اکنون 12000 عراقی با وضعیت پناهندگی در ایران سکونت دارند.⁠[16]