ناوتیپ 13 امیرالمؤمنین از یگان‌های سپاه پاسداران مستقر در بوشهر بود که در دفاع مقدس شرکت داشت.

به دنبال آغاز جنگ تحمیلی عراق علیه ایران، مردم استان بوشهر نیز به مشارکت در دفاع از کشور پرداختند. اوایل جنگ تعدادی از رزمندگان بوشهر در عملیات‌های ثامن‌الائمه «ع»، طریق‌القدس و فتح‌المبین در تیپ المهدی «عج» و لشکر 19 فجر استان فارس حضور یافتند. در بهمن 1362 اولین یگان نظامی استان بوشهر به نام تیپ حضرت امیر «ع» تشکیل شد و با 5 گردان به فرماندهی فتح‌الله محمدی در اردوگاه قدس بنه گز (تنگستان) بوشهر مستقر گردید؛⁠[1] گردان نوح «ع» از بوشهر، گردان مُصعب بن عمیر از دو منطقه دشتی و تنگستان، گردان حضرت معصومه «س» از منطقه دشتستان، گردان مالک اشتر از بنادر کنگان و دَیِّر و گردان حجت از بنادر گناوه و دِیلَم، 5 گردان این تیپ بودند. این گردان‌ها پس از یک هفته به دشت عباس خوزستان اعزام و برای شرکت در عملیات خیبر در هورالعظیم آماده شدند. با شروع عملیات خیبر در اسفند 1362 و با توجه به مجروح شدن تعدادی از قایقرانان شرکت کننده در عملیات خیبر و با توجه به حضور تعدادی از رزمندگان گردان‌های تیپ حضرت امیر «ع» بوشهر که با قایقرانی و دریانوردی آشنایی داشتند، این رزمندگان برای ادامه عملیات خیبر به منطقه عملیاتی اعزام شدند. البته با پایان عملیات خیبر، تیپ حضرت امیر «ع» نیز منحل شد.⁠[2]

پس از عملیات خیبر برای طرح‌ریزی یک عملیات آبی - خاکی و حمله به شهر بصره عراق، مأموریتی به استان بوشهر محول شد⁠[3] و ناوتیپ 13 امیرالمؤمنین «ع» در 20 خرداد 1363 به فرماندهی حاج فتح‌الله محمدی تشکیل و به سبب تقارن تشکیل آن با ماه رجب و تولد حضرت علی «ع» در سیزدهم این ماه نامگذاری شد.

  ناوتیپ 13 امیرالمؤمنین «ع» یک ستاد و چهار ناوگروه و⁠[4] هر ناوگروه 3 ناوتیم و هر ناوتیم 3 فروند قایق و 9 خدمه و در مجموع 36 فروند قایق و 108 رزمنده داشت؛ فرمانده ناوتیپ و هر یک از فرماندهان ناوگروه‌ها نیز فرمانده یکی از پایگاه‌های سپاه پاسداران در استان بوشهر بودند.⁠[5]

اواسط سال 1364، 3 گردان ادوات از گناوه، گردان پیاده مالک اشتر از بوشهر و گردان ابوالفضل عباس «ع» از دیگر شهرستان‌های استان بوشهر به ناوتیپ امیرالمومنین «ع» اضافه شد و با 2 گردان دریایی، 2 گردان پیاده و یک گردان ادوات برای عملیات والفجر 8 آماده گردید. ناوتیپ امیرالمؤمنین «ع» با 5 گردان امام حسین «ع»، امام حسن «ع»، ابوالفضل «ع»، مالک اشتر و ادوات در این عملیات شرکت کرد و پس از پایان عملیات، 6 ماه در خط پدافندی این منطقه ماندند و کنترل خورعبدالله را بر عهده گرفتند.⁠[6]

ناوتیپ امیرالمؤمنین «ع» در عملیات کربلای 3 (شهریور 1365) با هدف انهدام اسکله‌های نفتی البکر و العمیه عراق،⁠[7] عملیات کربلای 4 (دی 1365) با هدف نزدیک شدن به بصره⁠[8] با نیروهای غواص گردان مالک اشتر و 15 روز بعد در عملیات کربلای 5 در منطقه شلمچه و نزدیک کانال ماهی در خاک عراق با سه گردان ابوالفضل «ع»، کمیل و فجر شرکت کرد.⁠[9] پس از عملیات نیز، هر یک از دو گردان مالک اشتر و فجر نزدیک کانال ماهی 3 ماه خط پدافندی این منطقه را به عهده داشتند.⁠[10]

در سال 1366 مقرر شد هر شهرستان نیروی انسانی و نیازمندی‌های تدارکاتی یک گردان را تأمین کند؛ مسئولیت تأمین گردان مالک اشتر به بوشهر، گردان ادوات به گناوه، گردان امام حسین «ع» به دیلم، گردان حضرت ابوالفضل «ع» به کنگان، گردان کمیل به دشتی و تنگستان، گردان امام حسن «ع» به دیر و گردان فجر به دشتستان واگذار شد. پس از آن ناوتیپ امیرالمؤمنین «ع» در خط‌های پدافندی حاضر شد؛ گردان امام حسین «ع» در کنار رودخانه اروند و روی اسکله‌های البکر و الامیه؛ گردان مالک اشتر در خط پدافندی عملیات کربلای 5 نزدیک کانال ماهی و گردان امام حسن «ع» در هورالعظیم به کار گرفته شدند. گردان کمیل و گردان ابوالفضل «ع» نیز در پادگان جراحی خوزستان به سازمان‌دهی و آموزش نیروهای خود پرداختند.⁠[11] پس از آن در فروردین 1367، ناوتیپ امیرالمؤمنین «ع» با دو گردان کمیل و ابوالفضل «ع» و بخشی از گردان ادوات و واحد عملیات و اطلاعات به مدت دو ماه در خط پدافندی منطقه سد دربندیخان عراق مستقر شد.⁠[12] پس از بازپس گرفتن فاو توسط عراق در فروردین 1367، گردان‌های کمیل و امام حسین «ع» این ناوتیپ در کنار اروند در خاک ایران به پدافند از منطقه پرداختند⁠[13] و تا پایان جنگ تحمیلی در این منطقه ماندند.

  پس از پایان جنگ تحمیلی این ناوتیپ به بوشهر منتقل و در پادگانی در 30 کیلومتری بوشهر در کنار روستای بنه گز از توابع تنگستان مستقر شد.⁠[14]

در دوران دفاع مقدس، 556 نفر از نیروهای ناوتیپ امیرالمؤمنین «ع» به شهادت رسیدند.⁠[15]

  فتح‌الله محمدی به مدت 6 ماه، خدانظر قاسمی به مدت 4 ماه، حسین کارگر به مدت 2 سال و احمد محمدی‌زاده از سال 1366 تا پایان جنگ تحمیلی، فرماندهی آن را بر عهده داشتند.⁠[16]

ناوتیپ امیرالمؤمنین اکنون در بوشهر مستقر و زیر نظر منطقه دوم دریایی سپاه پاسداران مشغول دفاع از کشور است.⁠[17]